あなたの「六甲トレッキング」のルートDataが一括ダウンロードが可能でした。ダウンロードし。一部改変し、私のサイトの
http://yamamichi.no-ip.com/portalnext/test/gsimaps22.html?lat=34.655&lon=135.110&zoom=15&url=gsi1須磨Data.kml　　ここに入れてみました。このページの一番下の「」六甲トレッキングをクリックし
2015-05-24　摩耶山東　カスケードバレイ（杣谷道）～寒谷～掬星台　　のルートをマウスでクリックしてみてください。

地図上で表現をどうするかの事例です。写真は寒谷のものではないようです,どこから取ったか忘れました。
地図の基本はどこからダウンロードしたのか、忘れまはした、67〜年前に国土地理院関連からダウンロートしたはずです。
600近くの一括Dataはお返しします。メールアドレスを山道あてお送りください。

同じようなことをしようとしておられるのかな、と思ってコメントしました。
国土地理院の許可を得て私もこのように、トレッキングルートを表示しています、
もともと、パノラマ写真の撮影ポイントを調査するために、尾根歩きが主体でしたが、だんだん谷にも降りることになりました。
ルート図は
http://yamamichi.no-ip.com/portalnext/gsimaps1.html?lat=34.753&lon=135.2347&zoom=15&url=gsi混合Data1.kml
このように表現しています。
DataはGarminをカシミールに読ませ、カシミールでKmlファイルを出力し、kmlファイルをエディターで加工し、htmlファイルに組み込んでいます。

shinji50です。たびたびおじゃまします。
MuscleTurtleさんの処理の流れとは関係なくなっているかもしれませんが、地理院地図いじっていて見つけたことがありますのので、参考までにお知らせします。
地理院地図にkmlファイルを入れた状態で、作図。ファイルを選んでKML形式を指定する時、テキストボックスが開きますね。ここでボックス内の上部にStyle id=”…”という要素があり、その下にscaleという要素があります。この値を変えると出力されるkmlファイルの画像の大きさ設定が変わるみたいです。
ちなみにこの記事の最初の画面でやってみると、”…”はPolyStyle1、scaleは1となっていました。

shinji50です。
そちらの環境に配慮せず、一方的な思い込みでコメントしたことについてお詫びします。
もとよりそれぞれがそれぞれのやり方で表現すればいい世界だと思っていますので、そういうやりかたもあるのかと思っていただければ、それ以上を望むものではありません。
ところで、コメント後に見つけたことを含め、今時点での僕の理解の整理をしてみました。関係ないかもしれませんがURLをお伝えします。http://shinji50.sblo.jp/article/177104962.html

shinji50さん　こんばんは！

kml編集についてはやはりよくわからず…でした。
替わりといっては何ですが、保存したhtmlの該当箇所（iconサイズに関わる部分）を
編集することで小さくはできました。
より楽で、より良い方法を引き続き探っていきたいと思います。

お気づきの点などあればコメントいただければ幸いです。
今後ともよろしくお願いします。

shinji50です。おはようございます。
先のコメントはgpsのファイル(拡張子が.gpxや.kmlとなるもの)を使う側が意識して、取り扱う環境を前提としています。前提を後出しするなよと言われそうですが、昔人間でそういう環境で育ったものですからお許しください。
お書きの手順にそうと、地理院地図にアップする手前で転送するファイルを編集する機能があればお試しいただくことができたのではないかと思います。

shinji50さん　こんばんは！でございます。
さて、ご提示いただいた内容なのですが、どこからいじくったらいいのやら。よくわかりません。わかってからコメント返信しようと思ったのですが…。知識いたらずでできませんでした。もうすこし調べてみますが、どういう手順なのでしょう？
ところで、私山旅ロガーと地図ロイドを使っているのですが、それでgpsを取っています。保存（共有）するときに形式が選べて、その中に「KML（時刻なし. LineString）」という選択肢があります。その形式のkmlを地理院地図にアップすると線状になりました。これを今回の記事の形式に当てはめた結果を記事の最後に加えておきました。すごく楽ちん。
これに一手間加えれば（アイコン、ポイント、リンクなど）しっかりした記録地図になるかと思います。※しかし、このLineString形式の書き出しは時刻がないため（アプリによるのですかね？）、写真撮影時間とポイントを踏まえたアイコンの正確な位置が決められません。より正確にするのなら時刻入りの（私の場合でいくと赤デカ丸)HTMLを参照しながらになるかと思います。が、それはそれで面倒なのである程度は、個人ブログですし、ざっくりでも良いのかなって思います。

@shinji50
shinji50です。先ほどはお手数おかけしました。さて、電子国土にkmlファイルを貼り付ける件について、興味を持ちましたのでマネさせていただきました。kmlファイルを用意すれば簡単にgpsのログを電子国土上で見ることができ、驚いていたところです。
さて、こちらでは軌跡を表示する図形がブログにあるような赤丸ではなく、青い四角で表示されましたが、大きさについてはお書きのようで大きすぎる印象を持ちました。kmlファイルに大きさを指定する箇所がないか探したところ、こちらの環境では次のことを確認したので、お伝えします。
kmlファイルDocument要素の下にid=”track_n”という属性を持つStyle要素があります(Style id=”track_n”)。その下にあるIconStyle要素の下にscale要素があり、”.5″がデフォルトで入っていました。これを”.1″とかの小な値に変更し、読み込ませると、小さな図形になりました。
kmlファイルについての知識があるわけではないので、たまたまそうなっただけかもしれませんが、参考までにお知らせします。